En creusant un peu plus, il y a cette Faq de Facebook pour utiliser les discussions chiffrées de bout en bout sur Messenger sur plusieurs appareils. Donc, pour faire simple, ils disent que : Vous pouvez utiliser les discussions chiffrées de bout en bout sur plus d’un appareil mobile. Pour ajouter un nouvel appareil, installez l’application Messenger et connectez-vous à Messenger sur cet appareil. Bref, il faut passer par une application, celle de Messenger pour Desktop, qui chiffre aussi de bout en bout je pense. A tester si ma théorie est la bonne du coup... ou pas. Mais je sens quand même la même galère qu'avec les changements sur Facebook, qui appartient à la même boite.
https://www.facebook.com/help/messenger-app/920535438076445