Bonsoir,
ton "display: flex; dans main.css à la ligne 4 ne semble pas aimer Internet Explorer
Du coup en le retirant on passe d'un display flex à un display block et le logo s'affiche normalement sur IE11.
Tu as aussi une galère avec le texte de ton H2 qui ne s'affiche pas normalement quelque soit le navigateur avec son display none;. A moins que cela ne soit voulu (texte caché pour Google ?) il faudrait dans ce cas soit le retirer soit le retravailler pour qu'il se mette bien en dessous.