Fais un chkdsk de ton disque dur dans ce cas pour commencer (poste de travail => clic droit sur C => propriétés => outils => vérif du disque dur et coches les 2)<= a faire en mode sans échec!
Ensuite tu auras besoin du CD de windows pour vérifier l'intégralité des fichiers windows avec la commande sfc /scannow (Démarrer => Exécuter et tu tapes sfc /scannow)
Enfin si tout cela ne fait rien de plus, va falloir voir quel est le programme qui reste en attente.
tu peux aussi essayer de killer les services:
Accélérer l'arrêt des services windows( a votre guise)