Tu démarres avec la disquette de démarrage de Windows 98 et tu fais fdisk /mbr.
Normalement celaa devrait fonctionner.
Et pour Win98 n'oublies pas que c'est le système que l'on peut écraser sans crainte de perdre ses données

Et par contre fais une vérif de la partition ou se trouve Linux car si cela se trouve tu as quelques soucis de cluster.